La IyD en Israel se lleva a cabo principalmente en siete universidades, en decenas de institutos de investigación públicos y estatales y en cientos de empresas civiles y militares. Investigaciones importantes se llevan a cabo también en centros médicos. Diversas empresas de servicios públicos realizan sus propias actividades de IyD en campos tales como telecomunicaciones, electricidad, producción de energía y manejo de recursos hídricos.
El financiamiento proviene mayormente de organismos estatales y públicos, que cubren más de la mitad del presupuesto de IyD de Israel. La parte principal de los fondos destinados a IyD civil se encauza hacia el desarrollo económico, en especial en los sectores industrial y agropecuario, que representan una parte proporcionalmente mayor que en otros países. Más del 40% de los recursos se destinan a financiar actividades de IyD nacionales y binacionales y a asignaciones a universidades por intermedio del Fondo Universitario General, administrado por el Consejo de Educación Superior. Los recursos restantes de destinan a varios proyectos de IyD en materia de salud y bienestar social.
Más del 80% de toda la investigación israelí publicable, así como casi toda la investigación pura y la formación de los investigadores, se llevan a cabo en las universidades. La principal fuente de recursos de la investigación pura competitiva es un ente autónomo, la Fundación Científica Israelí. Alrededor de 1.000 investigadores reciben de la Fundación subvenciones, y cada universidad las completa con una subvención igual. La Fundación financia también programas especiales, tales como la participación de Israel en la construcción del detector ATLAS para el acelerador de partículas LHC de la Organización Europea para la Investigación Nuclear (CERN) de Ginebra. Además, la Fundación mejora la calidad de la investigación clínica a través de una novedosa serie de subvenciones para 'médicos-investigadores'.
Para financiar y coordinar iniciativas de investigación demasiado grandes para ser manejadas por un solo ente se ha constituido TELEM, un foro voluntario formado por los científicos jefes del Ministerio de Industria y Comercio y el Ministerio de Ciencias y Tecnología, el presidente de la Academia de Ciencias de Israel y representantes del Consejo de Educación Superior, el Ministerio de Finanzas y otros. TELEM gestionó, y financió en caso necesario, la entrada de Israel en el Programa Marco de la Unión Europea, la adhesión de Israel a la Instalación Europea de Radiación Sincrotrón en Grenoble (Francia) y la reciente iniciativa de una red israelí ultrarrápida de transmisión de datos "Internet II".
El gran número de patentes registradas por las universidades de Israel es la mejor prueba de la efectividad de sus relaciones con la industria.